Im Jahr 2003 wurden der Zürcher Pfarrer Matthias Girgis und der Jugendsozialarbeiter und Sozialunternehmer Nik Gugger von der evangelisch-reformierten Landeskirche des Kantons Zürich mit dem Aufbau einer Jugendkirche für die Stadt Winterthur beauftragt. Im Zentrum des neuen Projekts standen moderne Gottesdienstformen, welche Jugendliche und junge Erwachsene ansprechen sollten. Die Veranstaltungen der Jugendkirche Winterthur fanden in den ersten Jahren in unterschiedlichen Lokalitäten und mit Event-Charakter statt.
Im Jahr 2007 fand die Jugendkirche Winterthur einen festen Standort im Sulzer-Areal Winterthur: Die ehemalige Fabrikhalle 1019, die der Fabrikkirche ihren Namen gab. Im Jahr 2010 wurde die Fabrikkirche durch einen Beschluss der Zentralkirchenpflege Winterthur zum festen Bestandteil der kirchlichen Angebote in Winterthur. Bis Ende 2013 wurde in der Halle 1019 im Rahmen eines Arbeitsintegrationsprogramms werktags ein Mittagsbistro betrieben. An ausgewählten Wochenabenden und Sonntagen fanden auch darüber hinaus „etwas andere“ kirchliche Veranstaltungen statt, wie thematische Abende mit Diskussionsgästen (WunderBar), gottesdienstähnliche Abende mit Bluesmusik (BluesBar) oder Nachtessen mit einem kurzen spirituellen oder ethischen Inputreferat (kurz&gut).
Per Ende 2016 lief der befristete Mietvertrag für die Halle 1019 aus. Die Fabrikkirche musste „ihre“ Halle aufgeben und weiterziehen. Nach einer Phase der Neuorientierung bezog die Fabrikkirche das Restaurant „Akazie“ und startete ab Ende Oktober 2017 an diesem Ort wieder mit einem Mittagsbistro und an ausgewählten Abenden mit einem Barbetrieb, der zum Diskutieren und Sinnieren einlädt.
Quelle: Fabrikkirche Winterthur